Вот и объяснение. Если паспорт был бы "чистым", сотрудники а/к имеют полное право отказать в перелете. И никакие заверения "я узнавал в консульстве" вас не спасли бы. В действительности это происходит гораздо чаще, чем вам кажется.
Ну так это обычная практика, обусловленная правилами пограничного режима ЕС. Ехать можно только в ту страну, визу которой имеешь в паспорте, ни в какую другую. Уже потом, когда граница пересечена, согласно правилам Шенгенского соглашения можно посетить любую страну. Но изначально нужно въехать в ту, визу которой получил.
В российских аэропортах, да и во всех других по этой причине людей точно так же разворачивают. Исключения делают только тем, у кого паспорт исклеен шенгенскими визами, вероятность что их развернут существенно ниже. Остальные считаются подозрительными.